La Patagonie étant située au sud de l'hémisphère austral, les saisons sont marquées et bien
entendu inversées par rapport à l'hémisphère nord.
Le climat est de type tempéré avec les 4 saisons bien définies et de grandes amplitudes thermiques entre l'été et l'hiver . Au sud, dominent les vents d'ouest quasi-permanents qui produisent une forte humidité sur la cordillère des Andes donnant ainsi à la Patagonie orientale un climat extrêmement aride.
La calotte glacière continentale s'étend sur environ 500 Kms de long, à cheval entre le Chili et l'Argentine formant d'immenses glaciers qui tombent dans les nombreux lacs au pied de la cordillère et dans les fjords chiliens.